Niezależnie od typu napadów polega na systematycznym, długotrwałym (3-5 lat) podawaniu leków przeciwpadaczkowych. Nieregularne podawanie leków lub nagłe ich odstawienie grozi nawrotem napadów albo znacznym nasileniem ich częstotliwości. Wtedy napady występują jeden po drugim, a dziecko nie odzyskuje przytomności między napadami, co może spowodować jego śmierć.
Częściej pojawiają się międzynapadowe zaburzenia zachowania (niepokój ruchowy, zmiany nastroju, drażliwość, niechęć do wysiłku umysłowego, negatywizm, impulsywność). Obserwuje się je częściej w padaczce częściowej, a szczególnie nasilają się one wyraźnie, gdy napady zostaną opanowane farmakologicznie. Obserwuje się też silne zaburzenia nastroju (dysforie), wybuchy gniewu i agresji. Dlatego rodzice powinni utrzymywać stały kontakt z poradnią neurologiczną i informować lekarza o wszelkich zmianach w zachowaniu leczonego dziecka.
Niektóre postacie padaczki oporne na leki, z częstymi napadami można leczyć operacyjnie. Zabieg polega na otwarciu czaszki i usunięciu zmienionej chorobowo części mózgu. W odpowiednio dobranych przypadkach wyniki tego rodzaju leczenia są pomyślne. Kiedy ognisko padaczkowe umiejscowione jest głęboko stosuje się tzw. stereotaktyczne metody leczenia tj. niszczenie struktur mózgu położonych głęboko za pomocą specjalnej aparatury bez otwierania czaszki.