Przyczyny padaczki mogą być bardzo różne. Są to urazy mózgu okołoporodowe i późne oraz ich powikłania (blizny, krwiaki, zakażenia i zanik mózgu), guzy nowotworowe, ropne, zaburzenia naczyniowe (naczyniaki, tętniaki), czynniki zapalne (zapalenie opon i mózgu), ostre niedotlenienie mózgu. Lekkie urazy tylko w ułamku procenta powodują wystąpienie padaczki. Ciężkie urazy są bardziej niebezpieczne.
U ponad połowy osób, które przeszły uszkodzenia głowy w głęboką raną otwartą, padaczka występuje jako następstwo urazu. Przyjmuje się, że urazy są przyczyną padaczki u 8 % chorych. Do tzw. ogólnych przyczyn padaczki zalicza się zaburzenia metaboliczne i hormonalne np. mocznicę, obniżenie poziomu cukru i wapnia we krwi. Większość rozpoznanych przypadków padaczki (ponad 70 %) określa się jednak jako samoistną o nie ustalonej przyczynie.
Padaczka nie jest chorobą dziedziczną, ale istnieje tzw. wrodzona, uwarunkowana genetycznie predyspozycja do reagowania napadami na pewne czynniki. Ryzyko wystąpienia padaczki u dziecka, gdy jedno z rodziców ma padaczkę, wynosi 2,5-6 %, ryzyko to wzrasta do 25 %, jeśli na tę chorobę cierpią oboje rodzice.
Do przyczyn mających wpływ na wystąpienie padaczki należą: alkohol, niektóre leki, cykl snu i czuwania, miesiączka, przerwanie przyjmowania leków, gorączka, nadmierny wysiłek oraz czynniki emocjonalne.